阵容搭配的核心在于平衡属性克制与战斗功能性。喷火龙作为火系御三家，凭借高攻击和速度成为热门选择，搭配地震或飞翔能有效覆盖多种属性弱点。超能力系的胡地则依赖精神强念等高威力技能，配合高速特性实现先手压制。地面与岩石系的巨岩蛇提供坚实防御，通过地震和岩崩弥补队伍的抗性短板。电系与飞行系的闪电鸟兼具速度与爆发力，雷电搭配神鸟猛击可快速清场。传说宝可梦如超梦或急冻鸟可根据战局需求灵活调整，但需注意技能搭配的合理性。
努力值分配是提升战斗力的关键环节。四岛的小水怪和三号岛山洞后的土龙适合刷取速度与攻击努力值，而21号水路的蔓藤怪则针对特防与HP训练。冠军之路的野生宝可梦和训练师能同步提升经验与努力值，但需避免属性重复导致的效率下降。携带力量护腕或力量腰带可定向强化特定能力，同时建议在刷级过程中利用幸运蛋加速升级。技能回忆师位于第二岛右下角小屋，消耗树果可重置技能组合，优化招式覆盖范围。
暴鲤龙通过龙舞强化后可担任物理输出核心，搭配水系技能应对火系威胁。尼多王的毒刺特性可反制近身攻击，配合地震形成控场能力。辅助型宝可梦如卡比兽凭借高HP与剩饭恢复效果，能持续消耗对手。镰刀盔的剑舞强化配合水系技能则适合收割残局。注意避免队伍过度依赖单一属性，防止被特定克制技能击穿防线。
后期挑战中，针对四天王与冠军的阵容需针对性调整。毒系天王需优先解决超能力与地面系单位，龙系天王则依赖冰系或妖精系技能压制。携带闪光术应对岩山隧道等黑暗环境，并确保队伍中有至少一名高速单位处理突发情况。二周目初始宝可梦的选择应基于现有队伍短板，例如补充电系或格斗系成员以平衡阵容。通过反复调整技能与道具配置，最终形成兼具爆发力与稳定性的六人组合。
