火影忍者手游的双人模式主要通过羁绊对决模式实现，玩家需进入决斗场后选择更多玩法中的羁绊对决，创建队伍并邀请好友组队即可开启双人合作。该模式下双方共用100点血量，一人血量耗尽时两人同时进入濒死状态，因此角色选择与技能配合至关重要。系统支持跨平台联机，安卓与iOS用户可无障碍组队。
角色组合需考虑技能互补性，近战型忍者如宇智波鼬搭配远程忍术型角色如漩涡鸣人可形成攻守协同。治疗型角色如春野樱与高爆发输出角色如佐助组合能提升生存能力。部分特殊组合如秽土转生千手柱间与白面具带土可触发联合奥义，需蓄满风暴槽后按特定指令释放。
操作层面需注意Y轴走位与技能冷却管理，二技能命中可获得查克拉豆，合理分配用于奥义连招。替身术使用时机直接影响战局，建议在敌方连招第三段后发动。通灵兽选择上，蛤蟆吉与猿魔的组合可形成控制链，但需提前协调释放顺序。语音沟通可通过默认M键或自定义按键开启，确保战术执行同步。
忍者之神等特殊活动模式会附加条件限制，如必须使用特定忍者才能获取奖励。需优先完成每日任务获取限免忍者体验卡，并针对性调整技能组合。版本更新后部分角色如植物人柱间存在特殊机制，长按二技能接秘卷可实现不可替身连招，但需严格把握时机。
硬件配置方面，PC端使用手柄需在操作设定中单独设置2P键位，建议将支援键与奥义键分配至肩键。移动端玩家应注意关闭自动战斗功能以精确控制走位，组队前需测试网络延迟，确保联机稳定性。战绩查询功能可复盘战斗数据，重点分析技能命中率与替身成功率。
