摩尔庄园切换主精灵需要进入精灵界面的调整阵容板块，将目标精灵放置到阵容中间的主战位置，保存设置即可完成主精灵切换。想要完成这项操作，首先需要解锁勇士SMC职业，精灵系统会随勇士职业同步开放，未解锁勇士职业的状态下无法访问精灵阵容调整相关功能，捕捉获得的精灵也不能参与战斗上阵。在游戏主界面点击右下角精灵图标，进入精灵管理页面后，找到左下角调整阵容按钮，点击开启阵容编辑面板，面板左侧展示背包内全部已获取精灵，右侧分为主精灵位、两个辅助精灵位以及待命替补区域，中间高亮的格子就是主精灵专属位置，主精灵会在每场战斗最先登场，承担主要输出或承伤任务，辅助精灵紧随其后出场，待命区精灵会在场上精灵倒下后自动补位上场。
选中背包内想要设置为主精灵的目标精灵，点击将其放入中间主战格子，原本处于主精灵位置的精灵会自动退回背包列表，完成位置替换之后，必须点击保存阵容按钮，所有调整才会正式生效，如果直接退出面板，本次位置改动会直接作废，进入战斗依旧沿用旧的主精灵配置。不少玩家遇到切换不生效的问题，大多是忽略保存步骤，或是误将精灵放到辅助、替补格子，辅助和替补位置的精灵不会作为主精灵优先出战。阵容编辑界面内，还可以同步调整辅助精灵与替补精灵的排布，单次战斗最多五只精灵获取战斗经验，也就是1只主精灵搭配2名辅助再加2名替补，合理分配位置可以最大化精灵升级效率。
野外战斗场景无法直接修改主精灵配置，想要更换主战精灵，需要退出当前战斗，回到地图界面再打开精灵面板调整阵容。战斗过程中可以使用召唤功能，把待命区精灵召唤上场临时参战，但该操作只是本场战斗临时调换出场单位，不会改变预设的主精灵，结束战斗之后依旧会恢复保存好的阵容配置。野外还有快捷调用精灵的操作，长按投掷精灵按键，通过滚轮或者数字键可以快速选择释放的精灵，这个快捷方式只用于野外释放精灵，不能修改固定主精灵阵容，仅适合探索地图时快速切换释放对象，不能替代阵容面板的设置流程。
主精灵的选择需要结合属性克制机制，火克制风、风克制地、地克制水、水克制火，面对不同怪物时，提前切换对应属性的主精灵，能够大幅压低战斗难度。主精灵优先选择成长资质优秀的精灵宝宝，这类精灵升级获得的属性成长高于普通野生精灵，设置为主精灵后，优先分配对应属性点，输出向精灵重点堆叠力量或者智力，坦克向精灵提升体力与耐力，还可以消耗摩尔豆学习后天技能，每只精灵最多携带三个后天技能，搭配天赋技能完善战斗能力，后天技能不合适时，可以遗忘旧技能再学习新技能，适配不同的对战环境。另外要注意勇士职业追赶经验机制，主职业确定之后，追赶加成只会给到确认职业那一刻的阵容精灵，调整主精灵之后，如果想要让新主精灵吃到追赶经验，需要重新确认主职业刷新加成对象，否则更换后的主精灵无法拿到追赶带来的额外经验奖励。
